El clima de San Pedro de Atacama se denomina desértico marginal de altura, esto significa que durante todo el año existe una la oscilación térmica muy grande entre la sombra y la luz directa, o bien, entre el día y la noche; esto se debe principalmente a su ubicación sobre los 2000msnm y a que posee características propias de un desierto de altura.
Sin embargo San Pedro de Atacama se caracteriza por tener dos estaciones, una fría y caliente, la fría es de mayo a septiembre, en donde junio y julio son los meses con más bajas temperaturas. La caliente es de octubre a abril, donde los meses de mayor temperatura son enero y febrero, en estos meses también hay presencia de lluvias ocasiónales.
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